حضرت آیتالله جعفر سبحانی در یادداشتی، موسوعه آیاتالاحکام پژوهشکده باقرالعلوم (علیهالسلام) را اثری جامع و نفیس دانستند که بر اساس مکتب اهلبیت (علیهمالسلام) تدوین شده و همراه با مقایسه دیدگاههای دیگر مذاهب است.
ایشان تصریح کردند: قرآن مجید نخستین منبع برای استنباط احکام شرعی است و این موسوعه کوشیده با گردآوری موضوعی آیات مربوط به طهارت، نماز و دیگر ابواب، منبعی جامع و ارزشمند در اختیار پژوهشگران قرار دهد.
ما این اثر ارزشمند را که نتیجه تلاش گروهی از محققان کوشا در این زمینه است، شایسته تقدیر و تحسین میدانیم.