مدیریت حوزه های علمیه باید به گونه ای باشد که مانع نهال فروشی حوزه شود، بارها به عرض دوستان رسید که اگر الان خدایی نکرده خروجی نجف را از ما بگیرند تمام حوزه های علمیه سراسر جهان تشیع تعطیل می شود چرا که مهمترین کتب درسی حوزه های علمیه در نجف تولید شده است اما خروجی نجف مدیون مدیریت و عقلانیت «سید مرتضی» است، وقتی وی زعیم حوزه علمیه نجف شد، ابتدا وقف كردن را به مردم یاد داد كه وقف می تواند برای تربیت شاگردان و تامین كتاب و لوازم التحریر طلاب هم باشد یعنی وقف را احیاء کرد و در گام بعدی با شناسایی طلاب نخبه و حمایت ویژه از آنها موفق شد شیخ طوسی ها را تربیت كند.